Система олиго очистки / профилирования олигонуклеотидов VERITY Oligo Purification System Gilson GX-271

Олигонуклеотиды являются ключевыми соединениями в области естественных наук, играющими важные роли в различных областях. Они, например, используются в качестве зондов в области анализа экспрессии генов, в качестве праймеров в ПЦР или секвенировании ДНК.

Кроме того, существует также множество потенциальных терапевтических применений, которые включают, например антисмысловые олигонуклеотиды.

Растущее число применений требует большего количества олигонуклеотидов, следовательно, существует насущная потребность в разработке улучшенных способов их синтеза.

Для всех олигонуклеотидов в зависимости от их структуры, масштаба синтеза и области применения подбираются оптимальные способы очистки (простое обессоливание, очистка на обратно-фазовых картриджах, ПААГ электрофорез, высокоэффективная жидкостная хроматография / ВЭЖХ).

Фирма Gilson для синтеза олигонуклеотидов предлагает GX-271 Oligo Purification System , которая обеспечивает эффективную очистку олигонуклеотидов, контроль, обессоливание, идентификацию и удаление примесей за один цикл.

Установка VERITY Oligo Purification System, позволяет отказаться от использования нескольких технологий очистки и получить синтезированный целевой олигонуклеотид с помощью полностью автоматизированной технологии.

Управление системой обеспечивает ПО Trilution LC, фирмы Gilson.

В зависимости от поставленной задачи можно выбрать аналитический и препаративный комплект оборудовании, который состоит из ликедхендлера GX-271 c двумя инжекционными модулями прямого впрыска и нижеприведённых инструментов:

Структура изначально неочищенного синтезируемого олигонуклеотида поступившего на синтез (см рисунок)

Таблица сравнения комплектов оборудования
Аналитика	Препаратив
Насос 322 HPLC с головкой H2 (подробнее)	Насос 322 HPLC с головкой H2
	UV/VIS детектор 159 с проточной ячейкой 0.5 мм
Переключатель клапанов VALEMATE II	Переключатель клапанов VALEMATE II
Дополнительные характеристики
Рекомендуемая Колонка Dionex DNAPac PA-200 Не входит в комплект поставки	Рекомендуемая Колонка TosohSuperQColumn, 10 x 200 mm Не входит в комплект поставки
Мобильная фаза
A= 20% ACN, NaPO4, pH11 B = A + 1M NaBr	A = 20% ACN, NaPO4, pH8.5 B = A + 1M NaBr
Градиент
0–2.90 min: 15% A/85% B	0–9.95 min: 100% A
2.9–13 min: 15% A/85% B to 50% A/50% B	9.95–19.9 min: 100% A to 100% B
13–13.1 min: 50% A/50% B	19.9–20 min: 10% A/90% B
13.1–14 min: 50% A/50% B to 100% B	20–119.90 min: 10% A/90% B to 35% A/65% B
14–16 min: 100% B	119.9–120 min: 35% A/65% B
16–16.95 min: 100% B to 15% A/85% B	120–130 min: 35% A/65%B to 100% B
16.95–25 min: 15% A/85% B	130–140 min: 100% B
	140–141 min: 100% B to 100% A
	141–155 min: 100% A
Скорость потока
1 мл/мин.	5 мл/мин.
Объём инжекции переменный, устанавливаемый программой
Сбор фракций по пику, устанавливаемый программой

Для обессоливания необходимо добавить VERITY ® 1810 Conductivity and pH Monitor - Монитор для определения электропроводности и кислотностиподробнее...

Монитор отображает ключевые параметры профилирования растворов, что способствует сохранению ценных образцов в технологическом процессе очистки, позволяет оптимизировать методику от начала до конца опыта.

Дисплей единовременно отражает текущие параметры электропроводности, pH и температуры.

Иллюстрация работы системы

Неочищенный синтезируемый олигонуклеотид ( 8-40 оснований) вспрыскивается в обратно-фазовую или ионообменную колонку, пики собираются автоматически в коллектор фракций, согласно установленным программой параметрам. см. рис.1.

Рис.1 Pilot Scale Purification of 20 mer Oligonucleotide

Далее , в автоматическом режиме, система использует малые объёмы собранных образцов в пробирках вспрыскивает их колонку для подтверждения размера и степени очистки см. рис. 2. Финальным шагом цикла, фракции направляются на подтверждение размера и степени очистки в колонку обессоливания, для достижения степени очистки более 90% результат подтверждается включенными он-лайн UV детектором и монитором VERITY ® 1810.

Рис. 2 Analytic Verification of 20 mer Oligonucleotide

Установив в систему VERITY ® 1810 Conductivity and pH Monitor, который является уникальным прибором на текущий момент времени, позволяющим регулировать концентрацию соли и менять параметры раствора, получаем нижеприведенный результат, рис.3

Рис.3 Phosphate Buffer Gradient Monitoring with the VERITY ® 1810 Conductivity and pH Monitor